Ученый совет является высшим общественно-профессиональным органом управления Иссык-Кульского государсвенного университета им.К.Тыныстанова. Основными функциями и задачами Ученого совета является рассмотрение вопросов и выработка предложений по созданию, расформированию, укрупнению и разделению факультетов, кафедр, других научных и учебных подразделений; утверждение годовых и перспективных планов развития высшего учебного заведения; заслушивание отчетов проректоров, руководителей структурных подразделений высшего учебного заведения по учебной, учебно-методической, научной, финансово-хозяйственной и воспитательной деятельности и принятие мер по дальнейшему их совершенствованию; проведение конкурсных выборов в установленном порядке на замещение должностей профессорско-преподавательского состава, заведующих кафедрами, руководителей других учебных и научных подразделений; рассмотрение дел соискателей ученых званий профессора и доцента, и представление их к утверждению в ВАК КР, рассмотрение дел о представлении научно-педагогических кадров высшего учебного заведения к правительственным наградам.
Ученый совет формируется в составе ректора (председатель совета), проректоров, начальника учебного отдела, деканов факультетов, заведующих профилирующими кафедрами, руководителей других научно-педагогических подразделений, профсоюзной и студенческой общественных организаций.