Сегодня наука играет важную роль во многих отраслях и сферах жизни людей. Уровень развитости науки служит одним из основных показателей государства.
Наш университет за свою 80 летнюю историю внес свою лепту в подготовке кадров в сфере высшего образования и науки, в развитии человеческого потенциала страны, в укрепление интеллектуально-профессионального ресурса населения.
Гордостью университета является высококвалифицированный профессорско-преподавательский состав, в котором плодотворно трудятся 11 докторов наук, профессоров, 72 кандидатов наук, доцентов и вносят свой вклад в воспитании молодежи.
Научная и инновационная деятельность сотрудников, докторантов и аспирантов вуза осуществляется в тесном контакте с другими высшими учебными заведениями, академическими институтами и др. научными учреждениями нашей республики, стран ближнего и дальнего зарубежья. Одним из достижений является избрание 1 академика и 5 член-корреспондентов в Международную Академию наук педагогического образования. Также за вклад в инженерно-технические науки избран 1 член-корреспондент в Международную инженерную академию, 2 академика, 1член-корреспондента и 2 академических советника в Инженерную академию Кыргызской Республики
Наши ученые д.фил.н. А.Э.Абдыкеримова, д.б.н. Б.К.Калдыбаев, к.экол.наук К.Б.Осмонбаева являются членами Диссертационного совета, д.т.н. К.Ж. Зиялиев является членом экспертного совета Высшей Аттетационной комиссии КР. Кроме того, к.физ.-мат.наук К.М.Мусаев является лауреатом в области Науки и техники КР.
Иссык-Кульский государственный университет, активно участвуя в научных проектах, которые финансируются государством, за 5 лет осуществил 11 научно-технических проектов на более 6 миллионов сомов. Кроме этого, ученые нашего университета активно участвуют в программах мобильности для проведения совместных научных исследований и обучения за пределами нашей страны. Так, например, а рамках проекта финансируемого МНТЦ была создана молекулярно-генетическая лаборатория, которая оборудована современными приборами и оборудованием. Лаборатория используется для проведения научно-исследовательских работ и для повышения квалификации врачей, лаборантов работающих в сфере ПЦР-диагностики инфекционных заболеваний.
Особое внимание уделяется подготовке молодых научных кадров. На базе университета 35 аспирантов, 5 соискателей, 9 докторантов работают над диссертационными исследованиями. На магистратуре обучаются 65 магистрантов по 6 направлениям.
На базе университета регулярно проводятся международные, республиканские научно-технические конференции, форумы, симпозиумы, семинары, круглые столы и др.
Научные статьи публикуются в научных журналах «Вестник Иссык-Кульского университета», который входит в список журналов Высшей Аттестационной комиссии и «Кыргыз тили жана адабияты» который издается совместно с Бишкекским Гуманитарным университетом. Кроме того, с каждым годом увеличивается число публикаций в журналах входящих в библиографические базы РИНЦ, Scopus, Web of Science и.т.д.
Для достижения высоких результатов в науке особое внимание уделяется подготовке молодых научных кадров. Поэтому в университете организовываются олимпиады, студенческие конференции и научные кружки.